Abstrak
Kambing Zhashi Brown merupakan kambing asli Kotamadya Hengyang di Provinsi Hunan di Tiongkok selatan dan memiliki sejarah yang kaya. Kambing ini menunjukkan sifat-sifat yang luar biasa, termasuk ketahanan terhadap panas dan serangga, kemampuan reproduksi yang kuat, dan produksi daging yang unggul. Meskipun memiliki keunggulan ini, populasi yang saat ini terbatas membutuhkan upaya konservasi segera. Dalam penelitian ini, kami melakukan resequencing genom secara keseluruhan pada 21 kambing Zhashi Brown. Selain itu, kami melakukan analisis gabungan menggunakan data genom secara keseluruhan yang dipublikasikan dari 119 kambing, termasuk kambing Chengdu Brown, kambing Matou, kambing Wuxue, kambing Xiangdong Black, kambing Qaidam Cashmere, kambing Ujumqin Cashmere, dan kambing Shanbei Cashmere. Hasilnya mengungkapkan bahwa kambing Zhashi Brown secara genetik lebih murni daripada ras kambing Tiongkok Selatan lainnya. Lebih jauh, keragaman genetik (keragaman nukleotida, ketidakseimbangan hubungan, rangkaian homozigositas, dan koefisien perkawinan sedarah) genom kambing Zhashi Brown berada pada tingkat yang rendah di antara delapan ras, yang menunjukkan perlunya konservasi lebih lanjut. Dengan menggunakan metodologi analitis seperti rasio kemungkinan komposit, keragaman nukleotida, skor haplotipe terintegrasi, indeks fiksasi, dan homozigositas haplotipe lintas populasi yang diperluas, kami secara sistematis memindai sinyal selektif dalam lanskap genomik kambing Zhashi Brown. Hasilnya menggarisbawahi sinyal seleksi yang kuat yang terkait dengan gen yang terlibat dalam respons imun, toleransi panas, kinerja reproduksi, dan kualitas daging. Temuan ini memberikan kontribusi yang signifikan terhadap pemahaman kita tentang kerangka genetika yang terkait dengan sifat adaptif pada kambing Zhashi Brown. Lebih jauh, penelitian ini mengeksplorasi keragaman genetik kambing Zhashi Brown, yang dapat berkontribusi pada kerangka teoritis untuk melestarikan sumber daya genetiknya, sementara variasi terkait sifat yang teridentifikasi dapat menginformasikan strategi masa depan untuk mengoptimalkan program pemuliaan selektif.
Analisis keragaman genetik dan tanda seleksi pada kambing Zhashi Brown melalui data sekuensing genom utuh
