Abstrak
Pembuatan profil sampel dari pasien, jaringan, dan sel dengan genomik, transkriptomik, epigenomik, proteomik, dan metabolomik pada akhirnya menghasilkan daftar gen dan protein yang perlu dianalisis lebih lanjut dan diintegrasikan dalam konteks biologi yang diketahui. Enrichr (Chen et al., 2013; Kuleshov et al., 2016) adalah mesin pencari set gen yang memungkinkan pencarian ratusan ribu set gen yang diberi anotasi. Enrichr secara unik mengintegrasikan pengetahuan dari banyak proyek terkenal untuk menyediakan informasi yang disintesis tentang gen mamalia dan set gen. Platform ini menyediakan berbagai metode untuk menghitung pengayaan set gen, dan hasilnya divisualisasikan dalam beberapa cara interaktif. Protokol ini menyediakan ringkasan fitur utama Enrichr, yang mencakup penggunaan Enrichr secara terprogram dan penyematan tombol Enrichr di situs web mana pun. © 2021 Wiley Periodicals LLC.
Protokol Dasar 1 : Menganalisis daftar gen yang diekspresikan secara berbeda dari transkriptomik, proteomik dan fosfoproteomik, studi GWAS, atau studi eksperimental lainnya
Protokol Dasar 2 : Pencarian Enrichr berdasarkan satu gen atau istilah pencarian kunci
Protokol Dasar 3 : Mempersiapkan data RNA-seq mentah atau yang telah diproses melalui BioJupies sebagai persiapan untuk analisis Enrichr
Protokol Dasar 4 : Menganalisis set gen untuk organisme model menggunakan modEnrichr
Protokol Dasar 5 : Menggunakan Enrichr di Geneshot
Protokol Dasar 6 : Menggunakan Enrichr di ARCHS4
Protokol Dasar 7 : Menggunakan visualisasi analisis pengayaan Appyter untuk memvisualisasikan hasil Enrichr
Protokol Dasar 8 : Menggunakan API Enrichr
Protokol Dasar 9 : Menambahkan tombol Enrichr ke situs web
